Tibbiy chiqindilarni qayta ishlash uskunasining ishlash printsipi, birinchi navbatda, chiqindilardagi patogen mikroorganizmlar va zararli moddalarni fizik, kimyoviy yoki termal vositalar orqali butunlay yo'q qilish, chiqindilarning xavfsizligi va zararsizligini ta'minlashdir. Uskunalar birinchi navbatda tibbiy chiqindilarni tashish paytida oqishi yoki ifloslanishini oldini olish uchun yopiq konveyer tizimi orqali tozalash kamerasiga yig'adi.
Davolash jarayonida har xil turdagi uskunalar turli xil texnologiyalardan foydalanadi. Yuqori haroratli yoqish moslamalari chiqindilarni to'liq oksidlash, zararli komponentlarni yo'q qilish uchun yonish natijasida hosil bo'lgan yuqori haroratlardan foydalanadi; bug 'sterilizatsiyasi yoki yuqori bosimli bug'li dezinfeksiya uskunasi chiqindilardagi bakteriyalar, viruslar va boshqa mikroorganizmlarni o'ldirish uchun yuqori haroratli, yuqori bosimli bug'dan foydalanadi; mikroto'lqinli yoki kimyoviy dezinfeksiya uskunalari chiqindilarni yuqumli bo'lmagan holga keltirish uchun mikroto'lqinli isitish yoki kimyoviy reaktsiyalardan foydalanadi.
Qayta ishlashdan so'ng, chiqindilar odatda tashish va yakuniy utilizatsiya paytida xavfsizligi va ishonchliligini ta'minlash uchun sovutish, maydalash yoki qotib qolish kabi ikkilamchi qayta ishlash bosqichlaridan o'tadi. Butun jarayon harorat, bosim va ish holatini nazorat qiluvchi avtomatlashtirilgan boshqaruv tizimi tomonidan nazorat qilinadi. Har qanday nosozliklar bo'lsa, uskuna avtomatik ravishda sozlashi yoki ishlashini to'xtatishi mumkin, bu esa operator xavfsizligi va atrof-muhit gigienasini ta'minlaydi.